До 1 сентября все пчелосемьи должны быть поставлены на учёт, а ульи, в которых они живут, промаркированы. Это касается как сельскохозяйственных предприятий и фермеров, так и личных подсобных хозяйств. Учет пчел регулируется № 550 и ветеринарными правилами № 832. Чипирование отдельных пчёл не требуется — применяется только групповой метод маркирования. Каждая пчелосемья получает уникальный номер средства маркировки (УНСМ) из 11 знаков. Он начинается с RU2 и указывает на группу животных, остальные знаки — буквенно-цифровая последовательность. УНСМ наносится на табло, которое крепится на внешнюю стенку улья. На табло также размещается QR-код с гиперссылкой на карточку пасеки в системе учёта Россельхознадзора. Важно, чтобы табло было хорошо читаемо с расстояния не менее 3 метров. Маркировать нужно каждый улей или любое сооружение, где находятся пчёлы.
Ульи с пчелами должны быть промаркированы в течение 14 дней со дня заселения или с момента ввоза в Россию. Учёт ведётся в системе «Хорриот» — компоненте Федеральной государственной информационной системы (ФГИС) в области ветеринарии. Для учета животных владельцы пчелиных семей должны предоставить в районные станции по борьбе с болезнями животных сведения, необходимые для проведения учета в системе «Хорриот».
За нарушение правил маркировки предусмотрена административная ответственность по статье 10.6 КоАП РФ, в соответствии с которой нарушение правил карантина животных или других ветеринарно-санитарных правил влечет наложение административного штрафа на граждан в размере от пятисот до одной тысячи рублей; на должностных лиц — от трех тысяч до пяти тысяч рублей; на лиц, осуществляющих предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, — от трех тысяч до пяти тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до шестидесяти суток; на юридических лиц — от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей или административное приостановление деятельности на срок до шестидесяти суток.
Кроме того, в соответствии с законодательством на каждую пасеку нужно оформлять ветеринарно-санитарный паспорт. Порядок оформления такого паспорта устанавливают власти субъекта. Государственные ветеринарные врачи проводят исследования на наличие инфекционных и паразитарных заболеваний у насекомых на пасеках. Данные вносятся в ветеринарно-санитарные паспорта. Исследования проводятся в соответствии с ежегодными планами противоэпизоотических мероприятий, утвержденными ветслужбами регионов.